La población indígena en Colombia se ve sometida a hostigamientos constantes: confinamiento en sus comunidades impidiendo el acceso a zonas de caza, pesca y recolección; pérdida de su autonomía, control social interno, amenazas y señalamientos como informantes o colaboradores de grupos, asesinatos de sus autoridades tradicionales y líderes comunitarios (50 de los 250 casos de violaciones a los derechos humanos de indígenas amazónicos entre 1997 y 2003, corresponden a shamanes, dirigentes y autoridades de elección popular); entre otros hechos como masacres, reclutamiento forzado, siembra de minas antipersonal, abandono de artefactos explosivos en sus territorios, expansión de la economía de cultivos de uso ilícito, tráfico de droga y debilitamiento de la base económica de subsistencia.

Uno de los escenarios donde el SJR realiza trabajo más cercano a comunidades indígenas es en Panamá, en donde se brinda un acompañamiento a esta población, empoderándolos para que exijan el respeto de sus derechos a las autoridades y a las comunidades de acogida.